为了紧跟国际生态环境科学前沿，满足国家在生态环境治理与修复方面的重大需求，加强研究所的自主创新能力，中国科学院生态环境中心以院知识创新工程为契机，以分析仪器实验室为主体，通过整合研究室和课题组购置的通用分析仪器，于2010年建立了所级公共技术中心。所级公共技术中心由技术指导委员会、办公室和实验仪器机组组成，对中心设备、人员、测试标准和收费标准等实行统一管理。